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物種的快速準(zhǔn)確鑒定 是生物多樣性研究的一大挑戰(zhàn)

來源:科技日報(bào)

物種的快速準(zhǔn)確鑒定,是生物多樣研究的一大挑戰(zhàn)。記者15日從中科院昆明植物研究所獲悉,該所研究人員利用基因組淺層測序技術(shù),在困難類群物種鑒定應(yīng)用研究中取得了重要進(jìn)展。

十多年來,DNA條形碼技術(shù)的引入在很大程度上緩解了困難類群物種鑒定的問題。而基因組淺層測序技術(shù)可獲得全質(zhì)體基因組和核基因組核糖體DNA序列,被認(rèn)為是提升物種鑒定率的有效手段,但仍鮮有研究探討其在實(shí)際應(yīng)用中能多大程度以及如何提高物種鑒定率。

期,昆明植物研究所高連明團(tuán)隊(duì)和李德銖團(tuán)隊(duì)與英國愛丁堡皇家植物園彼得·霍林斯沃思合作,對主要分布于喜馬拉雅及橫斷山區(qū)的杜鵑花屬植物廣泛取樣,獲得了145個(gè)物種218個(gè)個(gè)體的淺層基因組數(shù)據(jù),以探究基因組淺層測序技術(shù)在杜鵑花屬物種鑒定中的應(yīng)用。

“杜鵑花屬是我國種子植物最大屬,約有590種。喜馬拉雅及橫斷山區(qū)是杜鵑屬植物的起源和分化中心之一,分布有320多種。”李德銖研究員介紹,快速輻射演化、種間雜交、多倍化等導(dǎo)致杜鵑花屬物種的準(zhǔn)確鑒定非常困難,被認(rèn)為是復(fù)雜的植物類群之一。

研究結(jié)果表明,在杜鵑花屬中,基于基因組淺層測序獲得的質(zhì)體基因組和核糖體DNA序列能夠成功鑒定55%的物種,物種鑒定率比原先提升了22%。主要原因是質(zhì)體基因組序列能夠提供更多信息,可以顯著提升類似困難類群的物種鑒定率。

隨著基因組淺層測序技術(shù)成熟與成本降低,與一代條形碼相比,此項(xiàng)技術(shù)可更好地應(yīng)用于像杜鵑花屬這樣分類困難的類群,還可作為標(biāo)準(zhǔn)條形碼的擴(kuò)展和升級(jí),豐富標(biāo)準(zhǔn)條形碼的參考數(shù)據(jù)庫。此項(xiàng)研究再次強(qiáng)化了核基因組數(shù)據(jù)在物種鑒定中的重要。研究成果在線發(fā)表在國際主流期刊《分子生態(tài)學(xué)資源》上。(記者趙漢斌)

標(biāo)簽: 物種鑒定 準(zhǔn)確鑒定 生物多樣性 基因組淺層測序

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